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，并派官员逮捕燕王府属僚，燕王遂称病重。当时，都指挥使谢贵、布政使张籨以重兵把守着燕王府。燕王秘密与僧道衍谋划，命令张玉、朱能等八百勇士潜入府内守备。
七月五日，在端礼门隐藏的将士诱杀谢贵、张籨，夺得九门。并上书建文帝，指斥齐泰、黄子澄是奸臣，并援引祖训“朝中没有正直的大臣，内部有奸贼，那么亲王应该训兵待命，天子应该密诏诸王统领镇兵讨平”上书一发，便举兵造反。此时朱棣自设官吏，称他的军为“靖难”军。起兵后连连攻克怀来、密云、遵化、永平。半月内拥兵数万人。
八月，建文帝以耿炳文为大将军，率军征讨朱棣。十二日，到真定，前锋抵达雄县。十五日，燕王星夜渡过白沟河，围攻雄县，攻克后杀戮一空。十七日，都指挥使潘忠、杨松从莫阝州赶来增援，被燕王伏兵擒获，占据莫阝州，后又还住白沟。大将军部校张保投降，说大将军有兵三十万，先到十三万，一半在滹沱河以南，一半在滹沱河以北。燕王害怕与河北岸军队作战时南面军队趁虚而入，便放张保逃归，让他扬言燕王即将率兵而至，以引诱朝军向北渡滹沱河。二十五日，燕王到真定，与张玉、谭渊等夹击耿炳文，大败耿军。并擒获其副将李坚、宁忠及都督顾成等，斩杀三万余人。进而围攻真定，二日不克，便退去。建文帝听说耿炳文大败，又派曹国公李景隆代领其军。九月一日，江阴侯吴高以辽东兵围永平。十一日，李景隆合兵五十万进驻河间。燕王对其将帅说：“李景隆声色严厉，军中混乱，听说我在一定不敢立即进攻，我们不如先增援永平以牵制其军。吴高胆小不懂战事，我一到他必定退走，然后回来进攻李景隆。有坚城在前，大军在后，一定打败他。”九日，燕王率兵援永平。十五日，吴高听说燕王已到，果然闻风而逃，燕王趁势追击，大败吴高。于是率军向大宁挺进。
冬十月六日，用计谋进入大宁城，住了七天，挟大宁王朱权，得大宁之地及朵颜三卫全部投降。九日，至会州。设立五军：张玉领中军，郑亨、何寿任副将；朱能领左军，朱荣、李。。任副将；李彬率右军，徐理、孟善任副将；徐忠率前军，陈文、吴达任副将；房宽率后军，和允中、毛整任副将。十一日，军队进入松亭关。李景隆听说燕王出征大宁，果然出兵围攻北平，他在九门外筑垒，燕王世子，坚守不战。十一月四日，燕王临时驻扎孤山，巡逻骑兵回来报告说白河流急不能渡。燕王祈祷于神，说兵到则冰合，于是调配军士。李景隆暗中派都督陈晖侦察朱棣的布军情况，从左边绕道朱棣军后。朱棣分军还击，陈晖军士争先渡河而逃，此时河中冰块突然融解，溺死者不计其数。十五日，又与李景隆大战郑村坝。朱棣用精选的骑兵先攻破李景隆七营，其他诸将相继来战，景隆大败而还。十九日，又上书请求出征，十二月，李景隆调兵于德州，准备明年大举进攻。朱棣又计划攻打大同，说：“进攻大同，李景隆必定要赶来救援，大同天气寒冷，南军脆弱，不战也病疲了。”
建文二年(1400)春一月一日，攻克蔚州。二月十一日，到大同。李景隆果然由荆金关前来增援。朱棣亲率将士立即调兵居庸，李景隆部属大多被冻死饿死，不见敌人而还。
夏四月，李景隆进兵河间，与郭英、吴杰、平安约定白沟河相会。二十日，朱棣扎营苏家桥。二十四日，在白沟河侧与平安相遇。朱棣以百余骑在前，假装退却，引诱平安军阵地骚动，然后趁机攻击，平安败走。于是迫近李景隆，初战不利。天黑收兵，朱棣以三骑殿后，夜晚迷失了方向，亲自下马伏地察看河流才辨明东西，渡河而去。二十五日，又战。李景隆横阵数十里，破燕后军。朱棣亲率精骑迎战，斩杀瞿能父子。又令丘福冲击景隆主力部队，不得入。朱棣动摇景隆左军，景隆遂绕至朱棣后边，大战良久，飞箭如雨注一般。朱棣三换其马，矢尽剑断，挥剑折走登堤，佯装引鞭招后继援军状。李景隆怕有埋伏，不敢前进，援军高煦赶到，才解围。当时南军也聚集，燕军将士都大失声色。朱棣气愤地说：“我不进攻，敌人就不会退却，必须战斗。”又以劲卒突袭景隆背后，前后夹击，正好旋风四起，李景隆军旗被折，朱棣趁风放火奋起反击，斩杀数万，溺死者十余万人。郭英溃败西逃，景隆向南逃，朝廷赐给他们的玺书兵器也全部丧失，败走德州。五月九日，朱棣攻入德州，李景隆败走济南。十六日，攻济南，大败李景隆于济南城下。铁铉、盛庸坚守，久攻不下。
秋八月十六日，朱棣解围回北平。同月，盛庸代替李景隆，复取德州，与吴杰、平安、徐凯互为掎角，围困北平。当时徐凯刚到沧州，朱棣佯装出兵攻辽东，到通州后沿河向南，渡过直沽，昼夜兼程。
冬十月二十七日，奇袭并捉拿徐凯，攻陷沧州城，夜里坑埋降兵三千人。于是又渡过黄河经过德州。盛庸派兵来援，被击败。十一月十二日，到临清。十二月七日，打败盛庸大将孙霖于滑口。二十五日，又与盛庸大战东昌，盛庸用火器劲弩尽歼燕军。恰好平安军赶到，合围数重，朱棣大败，破重围免得一死，死者数万人，张玉战死。
建文三年(1401)一月一日，在威县、深州大败吴杰和平安军。遂兵还北平。二月十六日，又率师南下。三月二十二日，与盛庸遇于夹河，谭渊战死。朱能、张武殊死战斗，盛庸军退却。时天色已晚，各自敛兵入营。朱棣以十余骑兵逼盛庸宿营野外，到天明一看，已在燕军包围中。乃从容引马，鸣角穿营而去。诸将因天子有诏，不得杀害叔父为名，仓卒相视，不敢乱发一箭。当天又战，从早七时战到下午三时，两军各有胜负，突然刮起东北风，尘埃遮住天空，燕兵大声呼喊，乘风杀敌，盛庸大败。败走德州。吴杰、平安从真定率军与盛庸会合，没走到八十里，听说盛庸兵败的消息，引兵而还。朱棣用计引诱吴杰、平安出兵袭击。闰三月九日，相遇于蒿木城。十日，两军相战，大风大得拔起树木，吴杰、平安败走，燕军追至真定城下。二十四日，到大名，听说齐泰、黄子澄已罢免，上书请求停止吴杰、平安、盛庸军队。惠帝派大理少卿薛山品前来报告，要朱棣解甲归藩，赦免无罪，朱棣不奉诏。
夏五月，吴杰、平安、盛庸分兵切断燕军粮饷道路，朱棣派指挥武胜上书，追问缘由，惠帝大怒，将武胜下狱中。燕王派李远袭沛县，焚烧官军粮舟数以万计。
七月二日，夺取彰德。九日，降林县。平安乘虚直捣北平，燕王派刘江迎战，平安兵败而逃。房昭屯兵易州西水寨，攻保定，被燕王军包围。
冬十月二日，都指挥花英增援房昭，被燕军败于峨眉山下，斩杀数万人，房昭弃寨逃走。二十四日，燕军退还北平。十一月二十一日，朱棣亲自作文祭祀南北阵亡将士。当时，燕王举兵已三年。他亲历战阵，冒矢石风雨，身先士卒，常乘胜追击，但也多次处于危险之中。所攻克城邑，兵一走又被朝廷官军占领，仅据有北平、保定、永平三府而已。无可奈何，朝中官员被罢免的纷纷投奔朱棣，尽言京师空虚可取。朱棣慷慨地说“：年年用兵，何时结束？要么临江决一死战，不再返顾北面。”十二月十二日，又出师。
建文四年(1402)春正月十二日，从馆陶渡过黄河。三十日，巡行徐州。三月九日，平安以四万骑兵追随燕王军，朱棣设埋伏于淝河，大败平安军。二十三日，派谭清断绝徐州粮道，还至大店时，被铁铉军包围。燕王引兵来援，谭清突围而出，合击打败铁铉。
夏四月十四日，朱棣宿营小河，凭小桥而守，平安前来与之争桥，陈文战死。平安军在桥南，燕军在桥北，相持数天。平安转战，与燕王军遇于北坂，朱棣差点被平安长矛刺中。番骑王骐跃入杀阵，拉住朱棣胳膊慌忙逃去。朱棣说“：南军饥饿，每隔一二天粮草才送到，突然袭击很容易攻破。”遂命千余人守桥，半夜渡到小河以南，绕到平安军后。等到天明时平安军才发觉，恰好徐辉祖也赶来。二十二日，大战齐眉山下。当时，燕军连失大将，且淮土在盛暑蒸热难忍，诸将请求休军小河东边，就麦地观察敌军行动。朱棣说“：现在敌人长时间饥饿疲劳，断其饷道，可使敌军坐以待毙，不能北渡小河以懈将士士气。”下令想渡河的往左，诸将士争着往左。朱棣气怒大吼说“：任你们去吧。”将士都不敢说话。二十五日，何福等宿营灵壁，燕军阻拦其饷道，迫使平安分兵六万人保护。二十七日，朱棣精锐将士从中间进攻，将平安军一分为二。何福丢下灵壁来援，燕军退却，高煦伏兵大起，何福败逃。二十九日，逼近敌军营垒，攻破后，擒获平安、陈晖等三十七人，何福因逃走幸免于擒。五月七日，下泗州，拜谒祖陵，赐父老乡亲牛酒。九日，盛庸扼守淮河南岸，朱能、丘福潜过淮河袭击，赶走盛庸，于是攻克盱眙。
十一日，朱棣召集诸位将士，讨论行动去向，有的说宜取凤阳，有的说先取淮安。朱棣说：“凤阳楼橹完好，淮安积粟较多，不容易攻下。不如乘胜直趋扬州，指向仪真，使淮安、凤阳自受震慑。我耀兵长江上，京师感到孤立无援，必定会发生内变。”诸将士都说此法妙。十七日，兵巡扬州，驻军长江以北。惠帝派庆成郡主到军中，许诺割地求和，朱棣不听。六月一日，防御长江的都督佥事陈蠧率舟师叛变，依附于燕王。二日，祭大江。三日，从瓜洲渡江，盛庸以海艘迎战，失败。六日，下镇江。八日，临时住龙潭。九日，惠帝又派大臣商议割地求和，诸王相继到来，都不听。十三日，到金川门，谷王朱木惠、李景隆等打开城门迎接朱棣，都城陷落。当天，燕王分命诸将把守京城及皇城，还驻龙江。下令抚安军民。大肆搜索齐泰、黄子澄、方孝孺等五十余人，并张榜其姓名称是奸臣。十四日，诸王群臣纷纷上书劝燕王朱棣登基。十七日，燕王拜谒孝陵。群臣为其准备好法架，奉宝玺，迎呼燕王朱棣万岁。燕王登上皇帝宝座，在奉天殿即皇帝位。恢复周王朱木肃，齐王朱。。爵位。二十日，葬建文皇帝。二十五日，杀齐泰、黄子澄、方孝孺，并铲除其家族。因连坐结党之罪而死的很多。二十六日，迁兴宗孝康皇帝主于陵园，仍称懿文太子。
秋七月初一，大祭天地于南郊，顺便祭奉明太祖。下诏曰“：今年以洪武三十五年(1402)为纪年，明年为永乐元年。建文帝时更改的成文法制，一复旧制。山东、北平、河南遭兵祸州县，免除徭役三年，没遭兵祸州县与凤阳、淮安、徐、滁、扬三州减免租税一年，余下的全国其他州县全部减免今年田租的一半。”
二日，下诏任前北平按察使陈瑛为左副都御使，全部恢复建文朝废弃的官员。三日，恢复官制。二日，改封吴王允火通广泽王、衡王允火坚怀恩王、徐王允火熙敷惠王，随母妃吕氏居懿文太子陵园。二十二日，江阴侯吴高总督河南、陕西兵备，安抚军民。二十三日，尚书严震直、王纯、府尹薛正言等巡视山西、山东、河南、陕西。
八月一日，侍读解缙、编修黄淮入文渊阁供职。不久命侍读胡广、修撰杨荣、编修杨士奇、检讨金幼孜、胡俨一同入朝供职，并参与军国大事。押送兵部尚书铁铉至京，不认罪，被杀。左军都督刘真镇守辽东。六日，分遣御使察看天下利弊。七日，都督何福为征虏将军，镇守宁夏，节制陕西行都司。都督同知韩观练兵江西，节制广东、福建。十三日，西平侯沐晟守云南。九月四日，论靖难之功，封丘福淇国公、朱能成国公、张武等十三人为侯、徐祥等十一人为伯。论诚恳依附之功，封驸马都尉王宁为侯。茹王常、陈王宣、都督同知王佐皆封为伯。十四日，规定功臣犯死罪减俸禄条例。十五日，将山西无田贫民迁往北平，赐给钱钞，免除赋税五年。韩观为征南将军，镇守广西。
冬十月七日，命北平州县弃官逃避靖难之役的朱宁等二百一十九人入粟免死，戍边兴州。十九日，撰修太祖实录。十六日，镇远侯顾成镇守贵州。十二日，迁封谷王朱木惠于长沙。十九日，下诏徙迁征战将士有掠民家之女的送还其家。十一月十三日，立后妃徐氏为皇后。废广泽王允火通、怀恩王允火坚为庶人。十二月四日，蠲免遭受兵祸州县夏税。
，并派官员逮捕燕王府属僚，燕王遂称病重。当时，都指挥使谢贵、布政使张籨以重兵把守着燕王府。燕王秘密与僧道衍谋划，命令张玉、朱能等八百勇士潜入府内守备。
七月五日，在端礼门隐藏的将士诱杀谢贵、张籨，夺得九门。并上书建文帝，指斥齐泰、黄子澄是奸臣，并援引祖训“朝中没有正直的大臣，内部有奸贼，那么亲王应该训兵待命，天子应该密诏诸王统领镇兵讨平”上书一发，便举兵造反。此时朱棣自设官吏，称他的军为“靖难”军。起兵后连连攻克怀来、密云、遵化、永平。半月内拥兵数万人。
八月，建文帝以耿炳文为大将军，率军征讨朱棣。十二日，到真定，前锋抵达雄县。十五日，燕王星夜渡过白沟河，围攻雄县，攻克后杀戮一空。十七日，都指挥使潘忠、杨松从莫阝州赶来增援，被燕王伏兵擒获，占据莫阝州，后又还住白沟。大将军部校张保投降，说大将军有兵三十万，先到十三万，一半在滹沱河以南，一半在滹沱河以北。燕王害怕与河北岸军队作战时南面军队趁虚而入，便放张保逃归，让他扬言燕王即将率兵而至，以引诱朝军向北渡滹沱河。二十五日，燕王到真定，与张玉、谭渊等夹击耿炳文，大败耿军。并擒获其副将李坚、宁忠及都督顾成等，斩杀三万余人。进而围攻真定，二日不克，便退去。建文帝听说耿炳文大败，又派曹国公李景隆代领其军。九月一日，江阴侯吴高以辽东兵围永平。十一日，李景隆合兵五十万进驻河间。燕王对其将帅说：“李景隆声色严厉，军中混乱，听说我在一定不敢立即进攻，我们不如先增援永平以牵制其军。吴高胆小不懂战事，我一到他必定退走，然后回来进攻李景隆。有坚城在前，大军在后，一定打败他。”九日，燕王率兵援永平。十五日，吴高听说燕王已到，果然闻风而逃，燕王趁势追击，大败吴高。于是率军向大宁挺进。
冬十月六日，用计谋进入大宁城，住了七天，挟大宁王朱权，得大宁之地及朵颜三卫全部投降。九日，至会州。设立五军：张玉领中军，郑亨、何寿任副将；朱能领左军，朱荣、李。。任副将；李彬率右军，徐理、孟善任副将；徐忠率前军，陈文、吴达任副将；房宽率后军，和允中、毛整任副将。十一日，军队进入松亭关。李景隆听说燕王出征大宁，果然出兵围攻北平，他在九门外筑垒，燕王世子，坚守不战。十一月四日，燕王临时驻扎孤山，巡逻骑兵回来报告说白河流急不能渡。燕王祈祷于神，说兵到则冰合，于是调配军士。李景隆暗中派都督陈晖侦察朱棣的布军情况，从左边绕道朱棣军后。朱棣分军还击，陈晖军士争先渡河而逃，此时河中冰块突然融解，溺死者不计其数。十五日，又与李景隆大战郑村坝。朱棣用精选的骑兵先攻破李景隆七营，其他诸将相继来战，景隆大败而还。十九日，又上书请求出征，十二月，李景隆调兵于德州，准备明年大举进攻。朱棣又计划攻打大同，说：“进攻大同，李景隆必定要赶来救援，大同天气寒冷，南军脆弱，不战也病疲了。”
建文二年(1400)春一月一日，攻克蔚州。二月十一日，到大同。李景隆果然由荆金关前来增援。朱棣亲率将士立即调兵居庸，李景隆部属大多被冻死饿死，不见敌人而还。
夏四月，李景隆进兵河间，与郭英、吴杰、平安约定白沟河相会。二十日，朱棣扎营苏家桥。二十四日，在白沟河侧与平安相遇。朱棣以百余骑在前，假装退却，引诱平安军阵地骚动，然后趁机攻击，平安败走。于是迫近李景隆，初战不利。天黑收兵，朱棣以三骑殿后，夜晚迷失了方向，亲自下马伏地察看河流才辨明东西，渡河而去。二十五日，又战。李景隆横阵数十里，破燕后军。朱棣亲率精骑迎战，斩杀瞿能父子。又令丘福冲击景隆主力部队，不得入。朱棣动摇景隆左军，景隆遂绕至朱棣后边，大战良久，飞箭如雨注一般。朱棣三换其马，矢尽剑断，挥剑折走登堤，佯装引鞭招后继援军状。李景隆怕有埋伏，不敢前进，援军高煦赶到，才解围。当时南军也聚集，燕军将士都大失声色。朱棣气愤地说：“我不进攻，敌人就不会退却，必须战斗。”又以劲卒突袭景隆背后，前后夹击，正好旋风四起，李景隆军旗被折，朱棣趁风放火奋起反击，斩杀数万，溺死者十余万人。郭英溃败西逃，景隆向南逃，朝廷赐给他们的玺书兵器也全部丧失，败走德州。五月九日，朱棣攻入德州，李景隆败走济南。十六日，攻济南，大败李景隆于济南城下。铁铉、盛庸坚守，久攻不下。
秋八月十六日，朱棣解围回北平。同月，盛庸代替李景隆，复取德州，与吴杰、平安、徐凯互为掎角，围困北平。当时徐凯刚到沧州，朱棣佯装出兵攻辽东，到通州后沿河向南，渡过直沽，昼夜兼程。
冬十月二十七日，奇袭并捉拿徐凯，攻陷沧州城，夜里坑埋降兵三千人。于是又渡过黄河经过德州。盛庸派兵来援，被击败。十一月十二日，到临清。十二月七日，打败盛庸大将孙霖于滑口。二十五日，又与盛庸大战东昌，盛庸用火器劲弩尽歼燕军。恰好平安军赶到，合围数重，朱棣大败，破重围免得一死，死者数万人，张玉战死。
建文三年(1401)一月一日，在威县、深州大败吴杰和平安军。遂兵还北平。二月十六日，又率师南下。三月二十二日，与盛庸遇于夹河，谭渊战死。朱能、张武殊死战斗，盛庸军退却。时天色已晚，各自敛兵入营。朱棣以十余骑兵逼盛庸宿营野外，到天明一看，已在燕军包围中。乃从容引马，鸣角穿营而去。诸将因天子有诏，不得杀害叔父为名，仓卒相视，不敢乱发一箭。当天又战，从早七时战到下午三时，两军各有胜负，突然刮起东北风，尘埃遮住天空，燕兵大声呼喊，乘风杀敌，盛庸大败。败走德州。吴杰、平安从真定率军与盛庸会合，没走到八十里，听说盛庸兵败的消息，引兵而还。朱棣用计引诱吴杰、平安出兵袭击。闰三月九日，相遇于蒿木城。十日，两军相战，大风大得拔起树木，吴杰、平安败走，燕军追至真定城下。二十四日，到大名，听说齐泰、黄子澄已罢免，上书请求停止吴杰、平安、盛庸军队。惠帝派大理少卿薛山品前来报告，要朱棣解甲归藩，赦免无罪，朱棣不奉诏。
夏五月，吴杰、平安、盛庸分兵切断燕军粮饷道路，朱棣派指挥武胜上书，追问缘由，惠帝大怒，将武胜下狱中。燕王派李远袭沛县，焚烧官军粮舟数以万计。
七月二日，夺取彰德。九日，降林县。平安乘虚直捣北平，燕王派刘江迎战，平安兵败而逃。房昭屯兵易州西水寨，攻保定，被燕王军包围。
冬十月二日，都指挥花英增援房昭，被燕军败于峨眉山下，斩杀数万人，房昭弃寨逃走。二十四日，燕军退还北平。十一月二十一日，朱棣亲自作文祭祀南北阵亡将士。当时，燕王举兵已三年。他亲历战阵，冒矢石风雨，身先士卒，常乘胜追击，但也多次处于危险之中。所攻克城邑，兵一走又被朝廷官军占领，仅据有北平、保定、永平三府而已。无可奈何，朝中官员被罢免的纷纷投奔朱棣，尽言京师空虚可取。朱棣慷慨地说“：年年用兵，何时结束？要么临江决一死战，不再返顾北面。”十二月十二日，又出师。
建文四年(1402)春正月十二日，从馆陶渡过黄河。三十日，巡行徐州。三月九日，平安以四万骑兵追随燕王军，朱棣设埋伏于淝河，大败平安军。二十三日，派谭清断绝徐州粮道，还至大店时，被铁铉军包围。燕王引兵来援，谭清突围而出，合击打败铁铉。
夏四月十四日，朱棣宿营小河，凭小桥而守，平安前来与之争桥，陈文战死。平安军在桥南，燕军在桥北，相持数天。平安转战，与燕王军遇于北坂，朱棣差点被平安长矛刺中。番骑王骐跃入杀阵，拉住朱棣胳膊慌忙逃去。朱棣说“：南军饥饿，每隔一二天粮草才送到，突然袭击很容易攻破。”遂命千余人守桥，半夜渡到小河以南，绕到平安军后。等到天明时平安军才发觉，恰好徐辉祖也赶来。二十二日，大战齐眉山下。当时，燕军连失大将，且淮土在盛暑蒸热难忍，诸将请求休军小河东边，就麦地观察敌军行动。朱棣说“：现在敌人长时间饥饿疲劳，断其饷道，可使敌军坐以待毙，不能北渡小河以懈将士士气。”下令想渡河的往左，诸将士争着往左。朱棣气怒大吼说“：任你们去吧。”将士都不敢说话。二十五日，何福等宿营灵壁，燕军阻拦其饷道，迫使平安分兵六万人保护。二十七日，朱棣精锐将士从中间进攻，将平安军一分为二。何福丢下灵壁来援，燕军退却，高煦伏兵大起，何福败逃。二十九日，逼近敌军营垒，攻破后，擒获平安、陈晖等三十七人，何福因逃走幸免于擒。五月七日，下泗州，拜谒祖陵，赐父老乡亲牛酒。九日，盛庸扼守淮河南岸，朱能、丘福潜过淮河袭击，赶走盛庸，于是攻克盱眙。
十一日，朱棣召集诸位将士，讨论行动去向，有的说宜取凤阳，有的说先取淮安。朱棣说：“凤阳楼橹完好，淮安积粟较多，不容易攻下。不如乘胜直趋扬州，指向仪真，使淮安、凤阳自受震慑。我耀兵长江上，京师感到孤立无援，必定会发生内变。”诸将士都说此法妙。十七日，兵巡扬州，驻军长江以北。惠帝派庆成郡主到军中，许诺割地求和，朱棣不听。六月一日，防御长江的都督佥事陈蠧率舟师叛变，依附于燕王。二日，祭大江。三日，从瓜洲渡江，盛庸以海艘迎战，失败。六日，下镇江。八日，临时住龙潭。九日，惠帝又派大臣商议割地求和，诸王相继到来，都不听。十三日，到金川门，谷王朱木惠、李景隆等打开城门迎接朱棣，都城陷落。当天，燕王分命诸将把守京城及皇城，还驻龙江。下令抚安军民。大肆搜索齐泰、黄子澄、方孝孺等五十余人，并张榜其姓名称是奸臣。十四日，诸王群臣纷纷上书劝燕王朱棣登基。十七日，燕王拜谒孝陵。群臣为其准备好法架，奉宝玺，迎呼燕王朱棣万岁。燕王登上皇帝宝座，在奉天殿即皇帝位。恢复周王朱木肃，齐王朱。。爵位。二十日，葬建文皇帝。二十五日，杀齐泰、黄子澄、方孝孺，并铲除其家族。因连坐结党之罪而死的很多。二十六日，迁兴宗孝康皇帝主于陵园，仍称懿文太子。
秋七月初一，大祭天地于南郊，顺便祭奉明太祖。下诏曰“：今年以洪武三十五年(1402)为纪年，明年为永乐元年。建文帝时更改的成文法制，一复旧制。山东、北平、河南遭兵祸州县，免除徭役三年，没遭兵祸州县与凤阳、淮安、徐、滁、扬三州减免租税一年，余下的全国其他州县全部减免今年田租的一半。”
二日，下诏任前北平按察使陈瑛为左副都御使，全部恢复建文朝废弃的官员。三日，恢复官制。二日，改封吴王允火通广泽王、衡王允火坚怀恩王、徐王允火熙敷惠王，随母妃吕氏居懿文太子陵园。二十二日，江阴侯吴高总督河南、陕西兵备，安抚军民。二十三日，尚书严震直、王纯、府尹薛正言等巡视山西、山东、河南、陕西。
八月一日，侍读解缙、编修黄淮入文渊阁供职。不久命侍读胡广、修撰杨荣、编修杨士奇、检讨金幼孜、胡俨一同入朝供职，并参与军国大事。押送兵部尚书铁铉至京，不认罪，被杀。左军都督刘真镇守辽东。六日，分遣御使察看天下利弊。七日，都督何福为征虏将军，镇守宁夏，节制陕西行都司。都督同知韩观练兵江西，节制广东、福建。十三日，西平侯沐晟守云南。九月四日，论靖难之功，封丘福淇国公、朱能成国公、张武等十三人为侯、徐祥等十一人为伯。论诚恳依附之功，封驸马都尉王宁为侯。茹王常、陈王宣、都督同知王佐皆封为伯。十四日，规定功臣犯死罪减俸禄条例。十五日，将山西无田贫民迁往北平，赐给钱钞，免除赋税五年。韩观为征南将军，镇守广西。
冬十月七日，命北平州县弃官逃避靖难之役的朱宁等二百一十九人入粟免死，戍边兴州。十九日，撰修太祖实录。十六日，镇远侯顾成镇守贵州。十二日，迁封谷王朱木惠于长沙。十九日，下诏徙迁征战将士有掠民家之女的送还其家。十一月十三日，立后妃徐氏为皇后。废广泽王允火通、怀恩王允火坚为庶人。十二月四日，蠲免遭受兵祸州县夏税。